危害包括灌肠时粗心造成的出血、肠穿孔等损伤，因为肠壁相对较薄的风险相对较高，且应用激素或抗生素药物的剂量控制不好，严重情况下会导致肠道正常菌群关系的改变，应在医生的指导下尽可能完成。灌肠过程中，应控制好灌肠的温度、浓度和速度。灌肠时应注意患者生命体征的变化。
新生儿灌肠主要是解决不能排便的现象，在灌肠之后出现犯困的这种情况，可能是由于可使用灌肠所用的药物有一定的关系，如果宝宝的精神状况不佳，也可以到正规的医院进行检查，看是否是由于药物的副作用所导致的，在平时也可以让宝宝多喝一些水，这样也可以缓解大便干燥的现象。
小孩子发烧灌肠会造成小孩子直肠黏膜皱褶少，吸收面积小，药物吸收比较缓慢，进入血液循环的药量特别有限。而且灌肠不是一种安全、无菌的治疗方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道的里面，一些抗生素会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，导致继发性感染。
发烧给孩子灌肠治疗，这是治疗的一个措施，避免了打屁股针的痛苦。效果也是可靠的，但是如果灌肠不当容易伤害肛门，容易伤害直肠黏膜，甚至引起感染。灌肠液如果太凉了，或者是刺激性大，还容易引起孩子腹泻，这是它的缺点。要根据情况采用正确的治疗方法。
偶尔的几次灌肠对肠胃没有影响的，不要长期灌肠就可以的，有时孩子不能吃药可以选择灌肠治疗的，效果也挺好的，平时注意给宝宝多喝水，规律休息，增加抵抗力，观察宝宝有没有其他不适症状就可以的，监测宝宝的体温看是不是有发烧的症状。
15个月的婴儿腹部胀气是可以用肥皂水灌肠的，但是需要注意观察症状缓解情况，必要时需要及时去医院，平时可以给宝宝服用益生菌调节肠胃功能，可以多给宝宝按摩肚脐周围，鼓励宝宝多运动，促进肠道的蠕动，从而促进消化吸收，少量多餐的进食。
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