直肠给药有优点也有缺点。直肠给药主要比口服给药安全，可避免肝肾功能损害。同时，也解决了一些宝宝吃药难的问题。然而，直肠给药也会给婴儿带来一些紧张和恐惧的心理问题，这会导致婴儿自反性便秘。如果宝宝不敢用力排便，时间长了很容易导致便秘；有时力量过大，如果配合不当，还会导致肛门损伤，少量出血和疼痛；由于肠粘膜吸收快，有些宝宝对药物比较敏感，这很容易引起宝宝腹泻，所以手术一定要小心，动作一定要轻柔。
如果孩子出现严重的感冒症状，例如发烧，咳嗽，咳痰等，尤其是持续发烧则很容易引起脱水，高热惊厥或者脑膜炎等需要积极退烧处理，其中从肛门用药这是属于直肠给药。直肠给药退烧副作用相对较小，较安全，针对于儿童是建议使用的，密切监测体温变化。
引产后为了防止细菌侵蚀感染，会放入一些药物，防止发炎。因为肠道吸收作用强于胃肠吸收，所以药物不采取口服的方式，而是通过肠道进行药物治疗，以便加快炎症消除。引产虽说在生产过程中很常见，但是此过程是不能完全阻碍细菌的侵蚀，所以术后消炎很重要。
肛门给孩子灌药和口服药物差不多，都是在肠道内进行吸收的，因为口服的药物，最终也会在肠道吸收，所以这两者的原理是差不多的，只是有可能是使用的药物不同，一般只要合理用药，不过量使用，对于孩子没有多大的危害，要比打针和输液的危害小得多。
这种药的副作用是相对比较少的，但是也有个别得患者会出现一些不良反应，同时常见的症状还有口干便秘和出汗减少以及口鼻咽喉和身体的皮肤会出现干燥的情况，以及患者的视力还会出现模糊的情况，要是患者的年龄过大就有能够会出现患者的排尿困难。
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