黄体酮是一种孕激素，注射时可能会引起局部的硬结。也可能会引起恶心、呕吐等胃肠道反应，以及头晕、头昏等症状，少数女性也有可能会出现皮肤过敏、乳房肿胀的症状。长期使用的女性可能会引起月经紊乱、肝功能异常和肾功能异常。注射时要经常更换部位。
黄体酮注射液主要是可以起到补充孕酮的效果，如果是在孕早期由于孕酮过低所导致的出血，那么是可以在医生的指导下通过注射黄体酮的方法来进行改善的，另外孕酮过低的孕妇最好是可以选择卧床休息，不要太过劳累，也不要做重力劳动，避免出现严重的意外。
黄体酮的副作用患者可能会出现恶心，呕吐，也会出现头痛，头晕，身上会出现一些血麻疹，而且患者也是有明显的感觉特别的疲劳，乳房也会出现疼痛和胀痛，但是长时间使用的话也会导致月经出现不调也会出现月经闭经，肝功能出现一些异常等身体方面也会出现水肿，体重会慢慢的增加，所以在使用期间还是应该要注意，尽量的不要出现一些恶变的现象。
在哺乳期如果是短时间吃黄体酮是安全的，但是先看看身体的变化，毕竟黄体酮是属于孕激素的，所以不能完全排除会有一定的副作用的。在哺乳期用药前还是咨询一下医生，或者看一下月经的变化，如果是调经，那建议用药1到3个月可以停药看看。
打孕酮针常见的副作用是注射部位肌肉疼痛，注射部位皮下有硬结，还有些伴有红肿，这和体酮本身的性质有关，因为体酮本身属于天然孕酮，不溶于水，溶于油，所以肌肉注射的体酮的辅助佐料是油。
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