阿奇霉素的副作用主要是胃肠道反应，比如恶心、腹痛、呕吐、腹泻等。有的病人还会出现头疼、发烧、发烧、关节疼痛、身上起皮疹等过敏反应，不过极为少见。有少数病人用了阿奇霉素后检查肝功能与血常规，会出现暂时性、一过性的中性粒细胞减少，还有转氨酶会升高。有一部分则会出现比较严重的副作用，不过都较少见，比如眼角膜糜烂、过敏性休克、中毒性表皮坏死等。
阿奇霉素的副作用有些就是容易出现一些腹泻，再加上孩子现在比较小，用了这种药物之后出现腹泻，可能是由于得了抗生素性的肠炎导致的表现，可以暂时先给他停用抗生素，然后给他用一些调节肠道菌群的药物，再配合一些止泻药物，比如蒙脱石散来治疗。
如果只是轻微的对阿奇霉素产生过敏的时候，有可能会导致皮肤出现瘙痒，恶心，呕吐等等的症状，但是严重的情况下也会造成休克或者昏厥，以及发烧等等的一种表现。如果使用药物产生过敏的时候，也要及时的停止阿奇霉素，可以更换成其他的消炎药物来治疗。
阿奇霉素最常见的不良反应就是消化道的症状。在服药以后就可能会出现恶心，呕吐，食欲下降等。如果呕吐的比较厉害，就不能再给孩子继续服用阿奇霉素了。如果确定是有细菌感染，可以选择其他类型的抗生素来进行治疗。如果是支原体感染，最好做一下药物敏感试验。
宝宝服用阿奇霉素过量，会导致宝宝出现一些副作用，比如胃肠道反应和菌群失调造成的腹泻。过量服用阿奇霉素可能会损伤肝脏，再者对肠胃刺激会比较大。建议出现服用药物过量的情况，暂时停止用药，给宝宝吃点稀饭，喝一些水慢慢就会好转。如果不放心，可带孩子去做一个肝功能及血常规的检查。
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