一. 为了制备凝胶，将琼脂糖粉与电泳缓冲液混合至所需浓度，并在微波炉中加热使其熔化。
琼脂糖凝胶浓度
1. 所用琼脂糖的百分比取决于要分离的片段的大小。
2. 琼脂糖的浓度是指琼脂糖相对于缓冲液体积的百分比（w / v），琼脂糖凝胶通常在0.2％至3％的范围内。
3. 琼脂糖浓度越低，DNA片段迁移越快。
4. 通常，如果目的是分离大的DNA片段，则应使用低浓度的琼脂糖，如果目的是分离小的DNA片段，则建议使用高浓度的琼脂糖。
二. 将溴化乙锭添加到凝胶中（**终浓度为0.5 ug / ml），以促进电泳后DNA的可视化。
三. 将溶液冷却至约60°C后，将其倒入装有样品梳子的浇铸盘中，使其在室温下固化。
四. 凝胶固化后，将梳子移开，注意不要撕裂孔的底部。
五. 仍在塑料托盘中的凝胶水平插入电泳仪并用缓冲液覆盖。
六. 然后将含有DNA与上样缓冲液混合的样品吸移到样品孔中，将盖子和电源线放在设备上，并施加电流。
七. 可以通过观察电极上的气泡确认电流。
八. 鉴于其负电荷，DNA将迁移至通常为红色的正电极。
九. DNA迁移到凝胶中的距离可以通过肉眼监测跟踪染料（如溴酚蓝和二甲苯氰染料）的迁移来判断。
电泳电压的设置，凝胶配置的比例，以及电泳时间等
DNA分子在琼脂糖凝胶中脉冲时有电荷效应和分子筛效应。DNA分子在高于等电点的ph溶液中带负电荷，在电场中向正极移动。由于糖-磷酸骨架在结构上的重复性质，相同数量的双链DNA几乎具有等量的净电荷，因此它们能以同样的速率向正极方向移动。
凝胶电泳（英语：Gel electrophoresis）或称胶体电泳 是一大类技术，被科学工作者用于分离不同物理性质（如大小、形状、等电点等）的分子。
凝胶电泳通常用于分析用途，但也可以作为制备技术，在采用某些方法（如质谱(MS)、聚合酶链式反应(PCR)、克隆技术、DNA测序或者免疫印迹）检测之前部分提纯分子。
该技术操作简便快速，可以分辨用其它方法（如密度梯度离心法）所无法分离的DNA片段。
当用低浓度的荧光嵌入染料溴化乙啶染色,在紫外光下至少可以检出1-10ng的DNA条带,从而可以确定DNA片段在凝胶中的位置。此外,还可以从电泳后的凝胶中回收特定的DNA条带,用于以后的克隆技术操作。
电泳缓冲液一般是1×TAE或者0.5×TBE TAE一般配制成50×的储存液 组分浓度2M Tris-醋酸，100mM EDTA 配制方法：
1。称量Tris 242g，Na2EDTA·2H2O 37.2g于1L烧杯中；
2。向烧杯中加入约800ml去离子水，充分搅拌均匀；
3。加入57.1ml的冰醋酸，充分溶解；
4。加去离子水定容至1L后，室温保存。 TBE一般配制成10×的储存液 组分浓度890mM Tris-硼酸，20mM EDTA 配制方法：
1。称量Tris 108g，Na2EDTA·2H2O 7.44g，硼酸 55g于1L烧杯中；
2。向烧杯中加入约800ml去离子水，充分搅拌均匀；
3。加去离子水定容至1L后，室温保存。
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