1．治疗子宫内膜增生和防止子宫内膜癌变
激素替代治疗的主要作用是雌激素，但对无对抗的雌激素治疗使子宫内膜增生，子宫内膜癌发生率增加5-10倍。如果每月加用孕激素10～14天可抑制内膜增生过长，使内膜萎缩或转为分泌期，内膜癌发生率降到总体人群中的发生率以下。因此未行子宫切除术的妇女应用雌激素治疗时，必须加用孕激素。
可行雌激素、孕激素序贯联合或同时联合使用对子宫内膜癌有预防作用。长周期雌激素、孕激素联合治疗(EPT)(每3个月加用1次孕激素)是否提供对内膜的足够保护还未获证实，且经皮用孕激素不足以保护子宫内膜。无子宫的妇女，不需加用孕激素。现在还没有足够的安全性评估材料支持使用含孕激素的宫内节育器或者使用超低剂量雌激素不配伍孕激素的疗法。19一去甲睾酮衍生物协助雌激素增加骨密度，是否减少骨折尚不清楚。
2．孕激素与心血管疾病、血脂代谢
各种研究显示，不同的孕激素可降低雌激素对心血管的益处，削弱雌激素对血脂代谢的正面影响，但临床试验资料并未证实激素治疗有临床意义的不利作用。但这种负面影响主要与孕激素的种类、剂量、用药时间的长短有关，其中以服用甲羟孕酮不良反应作用最小，而具有雄激素活性的孕激素不良反应作用大。
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