两种药物的作用是相同的，只不过是剂型有一些区别，两种药物主要的区别是奥美拉唑镁肠溶片，添加了三硅酸镁，如果患者出现了糜烂性胃炎或者慢性浅表性胃炎可以长时间的使用奥美拉唑肠溶胶囊的药物来进行治疗，如果只是单纯的胃病，可以使用奥美拉唑镁肠溶片。
经常吃奥美拉唑，可能会引起腹泻，大便细软，其他别的危害也没有，本药是属于质子泵抑制剂，在临床上主要用于胃酸过多，胃炎，胃溃疡等等，一般都是与抗生素，比如阿莫西林，克拉霉素联合应用治疗幽门螺杆菌感染，同时也可以治疗反流性食管炎。
艾司奥美拉唑肠溶胶囊是一种西药，主要是用于治疗消化系统的疾病，这个药属于质子泵抑制剂，临床上可以和其他药物配合治疗消化性溃疡、反流性食管炎和卓艾综合征等疾病，用药的同时要避免辛辣生冷刺激食物，饮食要规律，三餐定时，清淡易消化饮食。
奥美拉唑肠溶胶囊主要适用于消化性溃疡，反流性食管炎等。奥美拉唑服用以后耐受性是比较良好的，常见的不良反应主要是腹泻，头痛，恶心，腹痛以及便秘的症状。如果有以上症状的话，需要在医生的指导下进行用药治疗，平时要多加注意休息，饮食上最好是清淡饮食为主。
奥美拉唑肠溶片主要是抑制胃酸分泌。主要针对胃酸分泌过多引起的反流性胃炎，反流性食管炎，或者是胃溃疡。主要针对的症状是反酸烧心。一般7天为一个疗程，最好是到医院做一个胃镜检查。如果是胃溃疡，需要用药4个疗程，如果是普通的反流性胃炎，一个疗程就可以。
奥美拉唑肠溶胶囊是属于质子泵抑制剂，在临床上主要用于反流性食管炎或者是与抗生素合用治疗，幽门螺杆菌感染也可用于消化性溃疡，但是本品对于便秘上不来厕所没有作用，不是润肠通便的药物，如果是胃炎或者是消化性溃疡引起的胃胀，有一定的缓解作用。
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