主要来说有两个方面，一方面是利用有益微生物的作用制造发酵食品，现代发酵工程在食品领域应用非常广泛；另一方面是防止有害微生物污染食品，保证食品安全。
一、微生物发酵在食品方面的应用 微生物发酵即利用微生物在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物。它在食品方面应用非常广泛，日常生活中常见的有以下几种： 1、发酵乳制品，如酸奶、饮料、干酪、乳酪等。2、面包。制作面包时酵母是必不可少的生物松软剂，面包酵母是一种单细胞生物，属真菌类，学名啤酒酵母 3、一些食品添加剂如柠檬酸、赖氨酸等 4、各种酒类，传统白酒、葡萄酒、其他发酵水果酒、啤酒等 5、调味剂，如味精，肌苷酸等的都是微生物发酵的产品。6、泡菜、豆腐乳、豆豉，其他如酱油、酿造醋、面酱等 微生物发酵的应用古以有之，酒在古代就已经是生活中不可或缺的，受到社会各个阶层的喜爱。现代发酵工程更是把微生物发酵运用到各个方面。二、微生物保鲜技术在食品方面的应用 1、常用于食品保鲜的微生物 微生物中利用细菌保鲜的报道比较多。利用蜡样芽孢杆菌对绿茶进行生物保鲜的技术已获得中国专利发明，乳酸菌在水果、蔬菜、肉品、奶类的生物保鲜方面已有了较深的研究和较为广泛的应用。在国外有利用木霉对果蔬进行保鲜的报道。例如，美国、法国、英国利用木霉对洋梨、蘑菇、苹果进行防病保鲜；我国也有一些应用木霉对茉莉花、茄子、蜜柑等进行保鲜的研究报道。2、食品的微生物保鲜机理 （1） 形成生物膜 微生物通过分泌胞外多糖等成膜物质，在食品外部形成一层致密的薄膜，隔绝氧气，防止水分蒸发。如在绿茶的生物保鲜中，蜡样芽孢杆菌会在茶叶表面形成生物膜，阻止了茶叶与氧气的直接接触，有效地控制了茶叶的氧化劣变。生物保鲜膜可以有效抑制呼吸作用，减少水分蒸发，防止微生物污染，减少微生物腐败作用，延长果实保鲜时间，提高商品率。（2） 竞争作用 保鲜微生物可与有害微生物竞争食品中的糖类等营养物质，从而抑制有害微生物的生长。在羊肉的生物保鲜中，乳酸菌可以有效地减少食品表面有限的糖类，从而达到了较好的保鲜效果。（3） 拮抗作用 微生物主要是通过拮抗作用抑制或杀死食品中的有害微生物，从而达到防腐保鲜目的。食品检验的内容包括对食品的感官检测，食品中营养成分、添加剂、有害物质的检测等。 食品检验内容十分丰富，包括食品营养成分分析，食品中污染物质分析，食品辅助材料及食品添加剂分析，食品感官鉴定等。
狭义的食品检验通常是指食品检验机构依据《中华人民共和国食品卫生法》规定的卫生标准，对食品质量所进行的检验，包括对食品的外包装、内包装、标志、唛头和商品体外观的特性、理化指标以及其它一些卫生指标所进行的检验。检方法主要有感官检验法和理化检验法。
冠卜菌地乐肥有一定用处，但是不能取代完全取代化肥。
微生物肥料的确具有独特优势：能促进物质、能量的转换和循环利用，可以降解废弃物，提高土壤肥力和活性，改善作物品质，有利于食品安全和环境保护。
但微生物肥料只能在一定程度上减少化肥和农药的施用，微生物肥料供应的养分有限，即使根瘤菌也只能提供作物所需氮元素的1/3~1/2，不能取代化肥；微生物肥料培肥改土作用需要以丰富的有机质物料为基础，不能取代有机肥；微生物肥料的植保作用主要是抑制有害病菌，提高作物抗病能力，但对爆发性病虫害没有直接的杀灭作用，不能完全取代农药。
根据我国现行国标《GB 4789.2-2010 食品安全国家标准 食品微生物学检验 菌落总数测定》规定：待琼脂凝固后，将平板翻转， 36 ±1 ℃ ℃ 培养 48 h±2 h。水产品 30 ±1 ℃ ℃ 培养 72 h±3 h。
即水产品 72 h±3 h，其余食品 48 h±2 h。
普通生物学、食品微生物学、基础生物化学、人体机能学（人体生理、生化与病理生理）、营养学、食品卫生学、食品化学、食品工艺学、食品安全与质量控制技术、食品质量检验技术、食品微生物检验技术、功能食品学，食品企业管理等。开设食品质量安全专业的学校有：河南科技大学华南热带农业大学北京农学院上海水产大学河北科技师范学院 河南工业大学南昌大学安徽农业大学山西农业大学山西师范大学江西农业大学南京农业大学浙江工商大学江南大学南京财经大学黑龙江八一农垦大学哈尔滨商业大学华南农业大学甘肃农业大学西北农林科技大学湖南农业大学云南农业大学吉林农业大学华南理工大学韶关学院吉林大学山东农业大学渤海大学大连轻工业学院内蒙古农业大学莱阳农学院武汉工业学院华中农业大学西华大学四川农业大学
我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
1、菌落总数 菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1g或1ml检样中所含细菌菌落的总数。它可以反应食品的新鲜度、被细菌污染的程度、生产过程中食品是否变质和食品生产的一般卫生状况等。因此它是判断食品卫生质量的重要依据之一。
2、大肠菌群 大肠菌群包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的肠居菌，它随着的大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3、致病菌 致病菌既能够引起人们发病的细菌。对不同的食品和不同的场合，应该选择一定的参考菌群进行检验。例如：海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群，罐头食品以耐热性芽孢菌作为参考菌群等等。
4、霉菌及其毒素 我国还没有制定出霉菌的具体指标，鉴于有很多霉菌能够产生毒素，引起疾病，故应该对产毒霉菌进行检验。例如：曲霉属的黄曲霉、寄生曲霉等，青酶属的桔青酶、岛青酶等，镰刀酶属的串珠镰刀酶，禾谷镰刀酶等等。
5、其它指标 微生物指标还应包括病毒，肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，猪水泡病毒等；另外，从食品检验的角度考虑，寄生虫也被很多学者列为微生物检验的指标：如旋毛虫，囊尾蚴，住肉孢子虫、蛔虫，肺吸虫，弓形体，螨，姜片吸虫，中华分枝睾吸虫等等 。
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